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特殊治疗管理系统是指针对某些特殊疾病或病种（如肿瘤、心血管病、慢性病等）而设计的一种管理系统，将医院、医生、患者、药品、检查等相关信息进行集中管理和协调，实现整体、系统、全程地管理患者。通过特殊治疗管理系统，可以提高医学信息化程度，提高医疗服务质量和效率，降低医疗成本，提升全民健康水平。
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